2015 bis heute: Der 1 FCM in der 3. Liga

Maik Franz mit Präsident Peter Fechner (2016)

Durch den Aufstieg ließ der 1. FC Magdeburg, 25 Jahre nach der Wende, den Amateurfußball hinter sich. Sportlich musste die Mannschaft den Abgang von Leistungsträger Nico Hammann verkraften, der sich dem SV Sandhausen anschloss. Der Kader wurde überwiegend mit Spielern aus der Regionalliga Nordost verstärkt. Der 1. FC Magdeburg startete, vom Aufstieg euphorisiert, überraschend gut in die Saison. Die ersten drei Heimspiele, allesamt Ostderbys, wurden gewonnen und nach einer starken Hinrunde setzte sich die Mannschaft im oberen Tabellendrittel fest. Des Weiteren stieg der Zuschauerschnitt auf über 18.000 Zuschauer an. Am 22. Dezember 2015 feierte der Verein mit einem Festakt seinen 50. Geburtstag, zu dem ehemalige Spieler und Trainer, aber auch hochrangige Landespolitiker, wie Ministerpräsident Reiner Haseloff und Magdeburgs Oberbürgermeister Lutz Trümper geladen waren. Im Januar 2016 sorgte der Verein mit der Verpflichtung von Maik Franz für Aufsehen, der die Sportkompetenz im Verein stärken und ein Scoutingsystem aufbauen soll.Die Mannschaft beendete die Saison auf dem vierten Platz, der zur Teilnahme am DFB-Pokal berechtigt. Im Landespokal erreichte die Mannschaft das Finale, traf dort auf den Halleschen FC und verlor mit 1:2.

Im Sommer 2016 verließen acht Spieler den Verein, darunter die Publikumslieblinge Lars Fuchs, Silvio Bankert und Matthias Tischer, die ihre Karriere beendeten. Sieben neue Spieler wurden verpflichtet. Die Saison 2016/17 begann am 31. Juli 2016 mit einer Heimniederlage gegen Fortuna Köln (0:3). Am 21. August 2016 verlor der 1. FC Magdeburg das Erstrundenspiel im DFB-Pokal gegen Bundesligist Eintracht Frankfurt nach Elfmeterschießen. Die Hinrunde wurde am 17. Dezember 2016 auf Platz 2 abgeschlossen. Abseits der sportlichen Erfolge machte der Verein auch Negativschlagzeilen. Das Sportgericht des DFB hat den FCM wegen Ausschreitungen beim Pokalspiel gegen Eintracht Frankfurt zu zwei Zuschauerteilausschlüssen sowie einer Geldstrafe verurteilt. Nachdem bei einer baudynamischen Untersuchung in der Drittliga-Partie gegen Hansa Rostock festgestellt worden war, dass durch rhythmisches Hüpfen der Fans die Gefahr von Statikproblemen bestand, sprach die Stadt Magdeburg im November 2016 eine Nutzungsuntersagungsverfügung für alle Tribünen und Blöcke der MDCC-Arena aus. Dies führte zu einer heftigen Auseinandersetzung zwischen der Fanszene, Verein und der Stadt. Am Ende stimmten die Magdeburger Ultras dem „Hüpfverbot“ zu. Am 8. Juni 2017 hat sich der Magdeburger Stadtrat für einen Stadionumbau zur notwendigen Ertüchtigung der Fantribüne und des Gästeblocks entschieden. Diese sieht auf der Nordseite des Stadions, in den Blöcken 1 bis 7 etwa 13.000 Stehplätze vor. In der MDCC-Arena finden dann künftig 30.000 Zuschauer einen Platz. Die Umbaukosten belaufen sich auf etwa 5,9 Millionen Euro.Die Magdeburger beendeten die Drittligasaison erneut auf Platz vier. Zudem wurde die Mannschaft durch einen 1:0-Sieg gegen Germania Halberstadt Landespokalsieger.